Una empresa puede tener facturas, contratos y documentos que demuestren una venta, pero aun así enfrentarse a un cobro de IVA por parte de la Dirección de Impuestos y Aduanas Nacionales (DIAN). Esto ocurre cuando los soportes no permiten demostrar que la operación cumple las condiciones exigidas para acceder a una exención tributaria.
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El tema volvió a quedar en el centro de una decisión judicial. El Consejo de Estado revisó el caso de una compañía que vendió aceite de soya refinado a un comprador que operaba como usuario industrial de una zona franca. La empresa declaró esas operaciones como exentas de IVA, pero la DIAN cuestionó el tratamiento tributario y determinó que debía pagar el impuesto, además de una sanción.
La decisión deja una advertencia para las empresas que realizan este tipo de negocios: tener los documentos de la venta no siempre es suficiente para demostrar que una operación está exenta de IVA. La clave está en acreditar que se cumplen las condiciones legales para aplicar el beneficio.
¿Qué deben comprobar las empresas para evitar cobros de IVA?
La controversia se relaciona con el literal e) del artículo 481 del Estatuto Tributario, que contempla la exención de IVA para determinadas materias primas, partes, insumos y bienes terminados vendidos desde el territorio aduanero nacional a usuarios industriales de bienes o servicios de zonas francas, o entre estos usuarios.
Para acceder al beneficio, los productos deben ser necesarios para el desarrollo del objeto social del comprador. Además, debe demostrarse que la mercancía ingresó efectivamente a la zona franca.
En otras palabras, no basta con que el comprador tenga autorización para operar en una zona franca ni con que la factura identifique los productos vendidos. La empresa debe contar con pruebas que permitan establecer que la operación cumplió las condiciones previstas en la normativa tributaria y aduanera.
El Consejo de Estado reiteró que la carga de demostrar los requisitos de una exención recae en el contribuyente que pretende aplicarla. Por eso, la DIAN puede revisar los soportes y verificar si realmente se cumplen las condiciones que justifican el tratamiento tributario.
La sentencia también aclara que no existe un único documento obligatorio para probar todas las condiciones. Las empresas pueden utilizar los medios de prueba permitidos por la ley, siempre que estos permitan acreditar los hechos relevantes de la operación.
La controversia se originó en la declaración del IVA correspondiente al primer bimestre de 2018 presentada por la Refinadora Nacional de Aceites y Grasas S.A.S. (Refinal).
La compañía reportó como exentas algunas ventas de aceite de soya refinado realizadas a CAC Maquila S.A., relacionada con una zona franca en Barranquilla. Sin embargo, durante la fiscalización, la DIAN encontró inconsistencias que, a su juicio, impedían reconocer el beneficio tributario.
Mediante una liquidación oficial del 20 de enero de 2022, la entidad reclasificó los ingresos declarados como exentos y los trató como gravados. El ajuste generó un mayor impuesto por pagar y una sanción por inexactitud del 100 %.
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Refinal presentó un recurso de reconsideración, pero la DIAN mantuvo su decisión en enero de 2023. La compañía acudió entonces a la jurisdicción contencioso-administrativa para solicitar que se anularan los actos de la administración tributaria.
Uno de los argumentos de Refinal era que había revisado los documentos de su comprador, incluidos el Registro Único Tributario (RUT), el certificado de existencia y representación legal y la autorización como usuario industrial de zona franca. También aportó facturas, soportes de pago y formularios relacionados con el movimiento de mercancías.
La empresa sostuvo que esos documentos respaldaban su actuación y que no debía asumir las consecuencias de eventuales incumplimientos atribuibles al comprador.
¿Por qué el Consejo de Estado consideró insuficientes los documentos?
Al estudiar el expediente, el alto tribunal encontró que las pruebas no permitían confirmar que el aceite de soya refinado hubiera ingresado efectivamente a la zona franca ni que fuera necesario para desarrollar la actividad del comprador.
Entre las inconsistencias identificadas estaban las diferencias entre los registros aportados por Refinal y la información entregada por el operador de la zona franca de Barranquilla. Este último no reportó movimientos que respaldaran las operaciones discutidas.
La sentencia también señaló que los tiquetes de transporte no identificaban a Barranquilla como destino de la mercancía. Las facturas y los tiquetes de báscula demostraban que se había realizado una venta y cargado el producto, pero no acreditaban su ingreso a la zona franca.
A esto se sumó la información sobre la actividad económica del comprador. Los registros examinados no permitían establecer que el aceite vendido fuera necesario para el desarrollo de su objeto social como usuario industrial.
Por esa razón, el Consejo de Estado concluyó que los documentos aportados no demostraban el cumplimiento de los requisitos para acceder a la exención. La corporación también precisó que exigir estas pruebas no significa trasladar al contribuyente las funciones de control aduanero de la DIAN: implica verificar las condiciones necesarias para aplicar el beneficio tributario.
Suponga que una compañía vende materias primas a una empresa instalada en una zona franca. El comprador tiene RUT, certificado de existencia y representación legal y autorización para operar en ese régimen.
Aunque esos documentos permiten identificar al comprador y acreditar su condición, no prueban por sí solos que la mercancía haya ingresado a la zona franca ni que sea necesaria para la actividad industrial o de servicios que allí desarrolla.
Para sustentar la exención, el proveedor debe conservar documentos que permitan seguir la operación y demostrar el destino de los bienes. La sentencia menciona, entre los posibles soportes, el formulario de ingreso a la zona franca, la autorización de embarque y otros documentos relacionados con el trámite de exportación, de acuerdo con las normas aduaneras.
Esto no significa que todas las ventas a zonas francas estén gravadas con IVA. El beneficio sigue contemplado en la ley, pero su aplicación depende del cumplimiento de los requisitos correspondientes y de que estos puedan acreditarse.
En sentencia del 9 de septiembre de 2026, la Sección Cuarta del Consejo de Estado confirmó la decisión de primera instancia que había negado las pretensiones de Refinal.
El tribunal concluyó que la empresa no demostró las condiciones para declarar esas ventas como exentas de IVA. También mantuvo la sanción por inexactitud del 100 %, al considerar que se declararon como exentos ingresos que debían tratarse como gravados y que no se acreditó una interpretación razonable de la norma que permitiera excluir la sanción.
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Además, condenó a la compañía en costas en segunda instancia y fijó las agencias en derecho en un salario mínimo legal mensual vigente. La decisión reitera un criterio jurisprudencial sobre esta exención tributaria. No establece que todas las operaciones con zonas francas deban pagar IVA ni crea un nuevo impuesto para las empresas.
